第二代領(lǐng)航員代號(hào)U228（2002年至2006年）

　　2003年，第二代林肯領(lǐng)航員經(jīng)過了一系列變化和改進(jìn)，外觀被徹底重新設(shè)計(jì)了一番，但是依然與福特征服者共享同一平臺(tái)，兩款車也是同時(shí)更新?lián)Q代，依舊延續(xù)著各自不同的風(fēng)格。

　　全新的領(lǐng)航員首先在外觀方面，采用了全新更大樣式的瀑布式前中網(wǎng)，借鑒了1961年林肯大陸車型遠(yuǎn)近光獨(dú)立分開的前大燈，與車身同色且?guī)в绣冦t裝飾的門把手，更寬的門邊腳踏板。只有前車門和車頂還與上代車型保持不變。

　　內(nèi)飾方面，領(lǐng)航員的儀表和中控臺(tái)布局，沒有再和征服者采用同樣的設(shè)計(jì)。全新的中控臺(tái)使用了真正的核桃木作為裝飾，為了進(jìn)一步提高車內(nèi)的高檔感，儀表背景燈和各個(gè)功能按鍵燈，均都使用了白色LED光源。此外還在娛樂系統(tǒng)屏幕上方添加了一塊鐘表。最后為了保持中控臺(tái)一體式的整潔度，還為導(dǎo)航娛樂系統(tǒng)的屏幕添加了與中控面板同色并帶有Navigator（領(lǐng)航員）字樣的掀蓋。為了增加后排乘客的舒適感和便利性，第三排座椅甚至配備了電動(dòng)折疊功能。

　　安全方面，領(lǐng)航員引進(jìn)了福特公司的安全氣簾和胎壓監(jiān)測(cè)系統(tǒng)。而牽引力控制系統(tǒng)和車身穩(wěn)定控制系統(tǒng)，被作為了2004年款車型的選裝配置。為了提高上下車的便捷性，還增加了電動(dòng)伸縮腳踏板，這項(xiàng)配置是首次在汽車上所配備。而后尾箱門也采用了電動(dòng)開啟的方式。后排娛樂系統(tǒng)更新為DVD播放格式。氙氣大燈成為了選裝配置。

　　現(xiàn)如今這些豪華、便利的配置在20多萬(wàn)元左右的車上就已經(jīng)配備了，但是在2002、03年時(shí)國(guó)內(nèi)汽車市場(chǎng)中SUV車型少之又少，像電動(dòng)調(diào)節(jié)座椅或電動(dòng)天窗之類的配置，也只能在當(dāng)時(shí)的一些中高檔轎車上見到。然而從配置豐富、功能齊全的林肯領(lǐng)航員就可以看出當(dāng)年美國(guó)汽車市場(chǎng)的先進(jìn)程度。

　　底盤方面也是從新設(shè)計(jì)過的，更換了更小轉(zhuǎn)向比的轉(zhuǎn)向系統(tǒng)和全新的獨(dú)立懸架，與此同時(shí)帶來了更好的操控性和駕乘舒適感，而且領(lǐng)航員繼續(xù)使用空氣懸架。為了使身軀龐大的領(lǐng)航員能更好的出入各類停車場(chǎng)，車身降低了約25mm（1英寸）。當(dāng)時(shí)領(lǐng)航員全系都已標(biāo)配18英寸7.5J的鋁合金輪圈，此外還可選裝18英寸8J的尺寸。唯一的缺點(diǎn)是由于第二代四驅(qū)版本車型比上代車型重了186kg，車輛總重為2718kg，因此這一代車型的牽引能力受到了一定影響。

　　但后來因成本問題，在動(dòng)力方面林肯把原先的5.4L V8 DOHC 每缸4氣門的自然吸氣發(fā)動(dòng)機(jī)，換成了2004款福特F-150的5.4L V8 SOHC 每缸3氣門的自然吸氣發(fā)動(dòng)機(jī)，最大功率依舊是300馬力，而扭矩被提高到了495�！っ�。與其搭配了全新的ZF 6速自動(dòng)變速箱。

　　在領(lǐng)航員2005款車型中，方形的前霧燈取代了原本圓形的霧燈，車身穩(wěn)定控制系統(tǒng)和氙氣大燈都成為了標(biāo)準(zhǔn)配置。車身重量被減輕了，后驅(qū)版本達(dá)到了2520kg，四驅(qū)版本則為2650kg，牽引能力提升至3900kg（后驅(qū)版）和3800kg（四驅(qū)版）。

　　2006年款領(lǐng)航員則是第二代的最后一款車型，就在換代之前，領(lǐng)航員還推出了一款終極選裝包，其中包括了帶有聲控功能和觸摸屏幕的DVD導(dǎo)航系統(tǒng)，THX音響和后排娛樂系統(tǒng)。就此林肯結(jié)束了第二代領(lǐng)航員的生產(chǎn)，同時(shí)也意味著即將要開始研發(fā)下一代更為先進(jìn)的車型。

　　2005年，因根據(jù)中美兩國(guó)簽訂的雙邊貿(mào)易協(xié)定，中國(guó)允許美國(guó)汽車廠商出口一定數(shù)量的汽車在國(guó)內(nèi)銷售。就此，在5月26日由福特汽車引入的第二代林肯領(lǐng)航員在國(guó)內(nèi)上市，可是當(dāng)時(shí)只擺在福特汽車展廳中銷售。后來因?yàn)槠放菩麄鞑睢④囆蛢r(jià)位高等原因領(lǐng)航員在國(guó)內(nèi)的銷售情況不是很好，苦撐了三年最終在2008年，林肯宣布了退出中國(guó)汽車市場(chǎng)的消息。