1891年2月，心灰意冷的邁巴赫離開DMG，開始在自己家中繼續(xù)他的設計。1892年年底，邁巴赫在赫爾曼酒店宴會廳和花園內重起爐灶，開起了一家發(fā)動機整機及零配件商店，當時它總共雇傭了17名工人，由于資金實在有限，其中5名工人的工資還是由戴姆勒負責支付的。

　　邁巴赫離開公司后，戴姆勒發(fā)現自己的身體情況正在逐年變差，并不能像以前那樣在研發(fā)設計方面投入大量精力，他開始逐漸退居幕后，并開始培養(yǎng)自己的兒子保羅·戴姆勒。1894年，邁巴赫與保羅·戴姆勒一起完成了第三款發(fā)動機的研發(fā)設計，這臺發(fā)動機的出現在全世界范圍內引起了轟動，它創(chuàng)造性的采用了直列四缸設計，缸體均為鑄造，并使用了邁巴赫在1893年剛剛獲得的化油器專利技術。不夸張的說，19世紀末期世界范圍內幾乎所有優(yōu)秀汽車身上都少不了這臺出自邁巴赫的直列四缸發(fā)動機。

　　1893年，戴姆勒同樣被迫離開了自己辛苦經營多年的DMG，戴姆勒汽車公司的聲譽也因戴姆勒的離去而受到了傷害。就在邁巴赫研發(fā)出自己第三款發(fā)動機的同時，一位名叫Frederick Simms的英國實業(yè)家以35萬馬克入主公司大部分股權，穩(wěn)定住了公司混亂的財政局面。掌握公司股權后，Frederick Simms立刻宣布繼續(xù)聘用戴姆勒作為公司實際管理者，邁巴赫也繼續(xù)回到公司擔任首席工程師，與此同時，邁巴赫還獲得了相當于30000金馬克的公司股權。

　　在隨后的日子里，邁巴赫又研發(fā)出了一套具有革命性的發(fā)動機冷卻系統(tǒng)，包括管式散熱風扇與蜂窩狀散熱器，為內燃機繼續(xù)向更高效率、更大功率發(fā)展奠定了基礎。然而在此期間邁巴赫卻承受了來自家庭的巨大壓力，他的二兒子阿道夫·邁巴赫患上了嚴重的精神分裂癥，醫(yī)生判斷他只能在精神病院度過余生，而邁巴赫的多年好友，同樣有著“世界汽車之父”名頭的戈特利布·戴姆勒也于1900年死于心臟病，離開了他終生奮斗的汽車事業(yè)。

　　家里的種種變故并沒能改變邁巴赫對于造車的激情，邁巴赫在1900年4月至10月這半年時間內設計出了一款在當時看來非常前衛(wèi)、大膽的汽車，這臺全新設計的汽車原本打算應用于汽車賽事，后來經過商討后還是決定將其投入民用，由于擁有35馬力的最大功率，后期它的名字被確定為“梅賽德斯 35 HP”。

　　1901年，第一臺梅賽德斯 35 HP正式下線，在當時看來，這臺車無論造型還是動力相較此前生產的汽車都有了質的飛躍，軸距加長為史無前例的2345mm，車身寬度1345mm，方向盤設置在右側，整車優(yōu)雅的造型引領了當時汽車的設計風潮，有人說這臺梅賽德斯 35 HP就是現代汽車的象征。當時除去采用雙排座椅的加長版本，還有單排雙座的短軸車型。

　　動力方面，這臺車搭載了一臺6.0L直列四缸發(fā)動機，最大功率35馬力/950rpm，最高時速可達75km/h，這樣的動力數據在當時看來絕對令人驚訝。也正是從那時開始，邁巴赫、保羅·戴姆勒與卡爾·本茨建立了聯(lián)系。

　　梅賽德斯 35 HP的出現讓更多人認識了邁巴赫，奧地利著名商人、賽車手Emil Jellinek就曾經對邁巴赫大加贊賞，并表示將出資55萬金馬克買下36臺梅賽德斯 35 HP，但前提是邁巴赫需要為他設計出一款動力更強、操控更好的賽用汽車。不到一年時間，邁巴赫便滿足了奧地利商人的要求，他設計的賽車在許多賽事上均取得佳績，欣喜的奧地利人建議他們用自己10歲女兒的名字作為以后每臺車名字的前綴，邁巴赫、保羅·戴姆勒等人則欣然同意，由此，DMG生產的每一臺汽車便都以“梅賽德斯”來命名。

　　得到諸如埃米爾這樣大批社會名流的支持后，DMG在全世界范圍內的影響力進一步增加，汽車銷量更是逐年增長，面對著暴漲的用戶需求，DMG開始迅速擴大企業(yè)規(guī)模，增加員工數量。1902年，DMG公司正式將“Mercedes”注冊為旗下商標。同年，一把大火幾乎將DMG公司完全燒毀，此后公司搬遷到斯圖加特的Untertürkheim繼續(xù)從事生產。

　　在此后的幾年中，邁巴赫和他的團隊研發(fā)出了更高效、動力更強的發(fā)動機及整車產品，其中1903-04年研發(fā)成功的71馬力直列六缸發(fā)動機與1906年推出的122馬力賽用高性能發(fā)動機可以算作是這一時期邁巴赫在DMG公司的代表作。此后由于公司內部人事原因，邁巴赫不得不于1907年再次離開DMG公司，這次邁巴赫走的很徹底，DMG公司則推舉保羅·戴姆勒替代邁巴赫首席設計師的位置。同年，邁巴赫被德國工程師協(xié)會公認為榮譽會員。